Pierwsze ślady osadnictwa w okolicach Słupcy pochodzą jeszcze z czasów przedhistorycznych. Pozostawili je, wędrujący po tych terenach, członkowie pierwotnych grup łowieckich.

Z czasem, w okresie halsztackim kultury łużyckiej (750-400 p.n.e.), na wyspie Jeziora Słupeckiego zbudowano grodzisko. Grodzisko Kultury Łużyckiej na Jeziorze Słupeckim „Szwedzki Kopiec” Jest ono pierwszym świadectwem funkcjonowania zorganizowanej gospodarki ludzkiej w tych okolicach. Liczne znaleziska archeologiczne z tego okresu można obejrzeć w Słupeckim Muzeum Regionalnym oraz w Muzeum Archeologicznym w Poznaniu.

Rozwój miasta rozpoczyna się w chwili, kiedy Słupca, z inicjatywy biskupa poznańskiego Jana, otrzymała prawa miejskie. 15 listopada 1290 r. w Dłusku książę wielkopolski Przemysł II wyraził zgodę na lokację miasta na prawie niemieckim. Dzięki ponownej lokacji z 1296 r. (tym razem na oprawie średzkim) Słupca otrzymała cały szereg nowych nadań i przywilejów. Położenie miasta biskupiego przy ważnych traktach handlowych miało bardzo istotny wpływ na jego dalszy rozwój.

W XIV w. częstym gościem w mieście był książę Władysław Łokietek. Obserwował stąd walki o zachodnią Wielkopolskę, które toczyły wojska śląskie, dążące do utrzymania tych ziem w Księstwie Głogowskim, z rycerstwem wielkopolskim, chcącym przyłączyć je do państwa Łokietka. Biskup poznański, do którego należała Słupca, poparł starania Łokietka o zjednoczenie zachodniej Wielkopolski z resztą ziem. W zamian, 11 listopada 1314 r. Słupca otrzymała przywilej założenia mennicy i bicia monety. Mennica działała do najazdu krzyżackiego w 1331 r., w czasie którego miasto całkowicie spłonęło. Odbudowa Słupcy nie trwała długo. W latach 1375-82, z inicjatywy biskupa poznańskiego Mikołaja z Kórnika, ok. 9 ha gruntów miasta otoczono długim na 1100 m. murem obronnym. Do wnętrza prowadziły dwie bramy – Toruńska (północna) i Pyzderska (południowa) oraz dwie furty – Poznańska (zachodnia) i Konińska (wschodnia). W mieście funkcjonował kościół parafialny pw. Św. Wawrzyńca, a za murami kościół pw. Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny i św. Leonarda ze szpitalem. Poza murami istniały jeszcze trzy kaplice, powstałe w XV w. Zostały rozebrane wraz z murami miejskimi na przełomie XVIII i XIX w.

Słupca 1705 r. W okresie lokacji Słupca mogła liczyć ok. 1000 mieszkańców, pod koniec wieku XV w. – podwoiła tą liczbę. Na wyprawę malborską w czasie „wojny trzynastoletniej” (1454-1466) miasto wysłało 20 zbrojnych, co stawiało Słupcę wśród dziesięciu największych ówczesnych miast Wielkopolski. Wiek XVII i XVIII to okres upadku gospodarczego i politycznego miasta. Liczne przemarsze wojsk szwedzkich, rekwizycje i rabunki, kontrybucje i morowe powietrze wyludniły Słupcę. Nie przeszkodziło to jednak, by w czasie insurekcji kościuszkowskiej (1794 r.) miasto stało się punktem zbornym powstańców wielkopolskich, którzy spotkali się tutaj z dwutysięcznym korpusem generała Henryka Dąbrowskiego.

W wieku XIX i na początku XX Słupca – dzięki temu, że przechodził przez nią główny trakt handlowy z Berlina do Warszawy i przebiegała w jej pobliżu granica zaborów – powoli odradzała się gospodarczo. Z racji swego położenia miasto było też świadkiem licznych wydarzeń związanych z powstaniami narodowymi (w 1831, 1846/1848, 1863/1864 r.)

W czasie I wojny światowej Niemcy urządzili w Słupcy duży obóz dla jeńców rosyjskich. W okresie II wojny światowej miasto znalazło się w tzw. Warthegau, czyli Kraju warty, na terenie włączonym do II Rzeszy. Zostało wyzwolone w styczniu 1945 r.

Z dawnej zabudowy miasta zachowały się do dzisiaj resztki murów miejskich a także murowany kościół św. Wawrzyńca z XV w. oraz szesnastowieczny drewniany, kryty gontem kościół św. Leonarda. W gotyckim kościele św. Wawrzyńca na belce tęczowej można obejrzeć krucyfiks z początku XV w. oraz rzeźbę Matki Boskiej Bolesnej i chrzcielnicę z XVI w. W kościele tym w 1998 roku znaleziono najstarszy mechanizm zegarowy w Polsce; jego miniatura jest wystawiona w Muzeum Regionalnym, w Słupcy.

W kościele św. Leonarda warto zobaczyć znajdujący się w barokowym ołtarzu krucyfiks z 1500 r., kamienną kropielnice z 1521 r., a w prezbiterium i nawie głównej szesnastowieczne polichromie.

W mieście do dziś zachował się dawny owalnicowy układ ulic i kilka dziewiętnastowiecznych budowli, m.in. zabytkowy dom przy ulicy Kościuszki, który niegdyś był zajazdem pocztowym.

Z historią miasta związane były losy wielu wybitnych postaci, min. Jana ze Słupcy – dziekana i rektora Akademii Krakowskiej w XV w.,

Apolinarego Szeluto (1884-1966) – kompozytora i pianisty, twórcy opery pt. „Pan Tadeusz” na motywach znanego poematu Adama Mickiewicza,

księdza Franciszka Szczygłowskiego (1876-1941) – cenionego przedwojennego działacza oświatowego.